1995 yılında eğitim öğretim hayatına başlayan Özel Gönen Okulları, 10 Kasım 2000 tarihinde Başkent Üniversitesi Özel Gönen Okulları adıyla Başkent Üniversitesi bünyesine alınmıştır.
Okulumuzun adı, 12.08.2002 tarihinde “Başkent Üniversitesi Özel Başkent Okulları” olarak değiştirilmiştir.
28.05.2001 tarihinde TS-EN-ISO 9001:94 belgesini alan okulumuz, 19.06.2003 tarihinde TS-EN-ISO 9001:2000 Kalite Yönetim Sistemi belgesini de alarak eğitim öğretim sektöründe bu belgeyi, bölgemizde alan ilk eğitim öğretim kurumu olma özelliğini kazanmıştır.
18.07. 2012 tarihinde Özel Başkent Ortaöğretim Okulları bünyesinde bulunan Anadolu Lisesi ve Fen Lisesine ek olarak Başkent Anadolu Sağlık Meslek Lisesi açılmıştır.
23.01.2017 tarihine kadar anaokulu, ilkokul, ortaokul ve lisemiz aynı yerleşke içerisinde eğitim öğretimini sürdürmüştür.
06.02.2017 tarihinde lisemiz, yerleşkemizin yanına yapılan 32 derslik 768 kontenjanlı binamıza taşınmıştır.
2016-2017 öğretim yılı sonunda Anadolu Sağlık Meslek Lisesi, kademeli olarak kapatılmıştır.
2020-2021 Eğitim öğretim yılı itibari ile Hatay ili İskenderun ilçesinde de Başkent Üniversitesi Özel İskenderun Başkent Okulları eğitim öğretim
faaliyetlerine başlamıştır.
2000 yılında eğitim öğretimine başlayan ve 2020 yılında iki bin beş yüzün üzerinde öğrenci sayısına ulaşan okulumuz, Atatürk İlke ve İnkılâpları doğrultusunda eğitim öğretimini sürdürmeye devam etmektedir.