Başkent Üniversitesi İskenderun Özel Başkent Ortaokulu, öğrencileriyle düzenli bir şekilde laboratuvar dersi yaparak, “Fen Bilimleri” dersinde karmaşık ve soyut kavramların öğretilmesinde, öğrencilerin fenle ilgili etkinliklere katılmalarına, bilimsel yöntemi tanıyarak takdir etmelerine; gözlem yapma, düşünme, fikir üretme ve yorum yapma gibi yeteneklerinin gelişmesine katkı sağlamaktadır.